installation error openMX3.9 |
- Date: 2023/09/02 01:26
- Name: Cho
<whduddnj@gmail.com>
- Dear Openmx developers/users,
I am trying to install openMX ver3.9 on Red Hat Enterprise Linux 8.3 (Ootpa). I got following linking error and can't resolve it.
picc -O3 -DscaLAPACK -ffast-math -fopenmp -I/home/t230182/fftw/include -I/home/t230182/blas/BLAS-3.11.0 -I/home/t230182/lapack/lapack-3.11.0 -I/home/t230182/scalapack/scalapack-2.2.0 -I/home/t230182/openmpi/openmpi-4.1.5/ompi/include/ -I/usr/local/include -I./elpa-2018.05.001 openmx.o openmx_common.o Input_std.o Inputtools.o init.o LU_inverse.o ReLU_inverse.o truncation.o readfile.o FT_PAO.o FT_NLP.o FT_ProExpn_VNA.o FT_VNA.o FT_ProductPAO.o Hamiltonian_Cluster.o Hamiltonian_Cluster_Hs.o Hamiltonian_Cluster_NC_Hs2.o Hamiltonian_Band_NC_Hs2.o Overlap_Cluster_NC_Ss2.o Overlap_Band_NC_Ss2.o Overlap_Cluster.o Overlap_Cluster_Ss.o Set_ContMat_Cluster_LNO.o Hamiltonian_Band.o Matrix_Band_LNO.o Overlap_Band.o Hamiltonian_Cluster_NC.o Hamiltonian_Band_NC.o Hamiltonian_Cluster_SO.o Get_OneD_HS_Col.o SetPara_DFT.o XC_Ceperly_Alder.o XC_CA_LSDA.o XC_PW92C.o XC_PBE.o XC_EX.o DFT.o Mixing_DM.o Mixing_H.o Mixing_V.o Force.o Stress.o Poisson.o Poisson_ESM.o Cluster_DFT_Col.o Cluster_DFT_NonCol.o Cluster_DFT_Dosout.o Cluster_DFT_ON2.o Cluster_DFT_LNO.o Band_DFT_Col.o Band_DFT_NonCol.o Band_DFT_NonCol_GB.o Band_DFT_kpath.o Band_DFT_kpath_LNO.o Band_DFT_MO.o Unfolding_Bands.o Band_DFT_Dosout.o Set_Density_Grid.o Set_Orbitals_Grid.o Set_Aden_Grid.o Gauss_Legendre.o zero_cfrac.o xyz2spherical.o AngularF.o RadialF.o Dr_RadialF.o PhiF.o VNAF.o Dr_VNAF.o VH_AtomF.o Dr_VH_AtomF.o RF_BesselF.o QuickSort.o Nonlocal_RadialF.o KumoF.o Dr_KumoF.o Mulliken_Charge.o Occupation_Number_LDA_U.o Eff_Hub_Pot.o Coulomb_Interaction.o EulerAngle_Spin.o Smoothing_Func.o Orbital_Moment.o Pot_NeutralAtom.o Simple_Mixing_DM.o DIIS_Mixing_DM.o ADIIS_Mixing_DM.o GR_Pulay_DM.o Kerker_Mixing_Rhok.o DIIS_Mixing_Rhok.o Total_Energy.o Contract_Hamiltonian.o Contract_iHNL.o Cont_Matrix0.o Cont_Matrix1.o Cont_Matrix2.o Cont_Matrix3.o Cont_Matrix4.o Opt_Contraction.o Initial_CntCoes.o Initial_CntCoes2.o Set_XC_Grid.o Set_XC_NL1_Grid.o Get_Orbitals.o Get_dOrbitals.o Get_Cnt_Orbitals.o Get_Cnt_dOrbitals.o Gaunt.o Find_CGrids.o MD_pac.o RestartFileDFT.o Output_CompTime.o Merge_LogFile.o Make_FracCoord.o Make_InputFile_with_FinalCoord.o Output_Energy_Decomposition.o Divide_Conquer.o Divide_Conquer_LNO.o Krylov.o Divide_Conquer_Dosout.o EGAC_DFT.o LNO.o Eigen_lapack.o Eigen_lapack2.o Eigen_lapack3.o EigenBand_lapack.o Eigen_PReHH.o BroadCast_ReMatrix.o Eigen_PHH.o BroadCast_ComplexMatrix.o lapack_dstedc1.o lapack_dstedc2.o lapack_dstedc3.o lapack_dstegr1.o lapack_dstegr2.o lapack_dstegr3.o lapack_dstevx1.o lapack_dstevx2.o lapack_dstevx3.o lapack_dstevx4.o lapack_dstevx5.o lapack_dsteqr1.o Nonlocal_Basis.o Set_OLP_Kin.o Set_Nonlocal.o Set_ProExpn_VNA.o Set_CoreHoleMatrix.o Set_OLP_p.o Set_Hamiltonian.o Set_Vpot.o Voronoi_Charge.o Voronoi_Orbital_Moment.o Fuzzy_Weight.o dampingF.o deri_dampingF.o Spherical_Bessel.o iterout.o iterout_md.o Allocate_Arrays.o Free_Arrays.o Init_List_YOUSO.o outputfile1.o malloc_multidimarray.o PrintMemory.o PrintMemory_Fix.o dtime.o OutData.o OutData_Binary.o init_alloc_first.o File_CntCoes.o SCF2File.o mimic_sse.o Make_Comm_Worlds.o Set_Allocate_Atom2CPU.o Cutoff.o Generating_MP_Special_Kpt.o Maketest.o Runtest.o Memory_Leak_test.o Force_test.o Stress_test.o Show_DFT_DATA.o Generate_Wannier.o TRAN_Allocate.o TRAN_DFT.o TRAN_DFT_Dosout.o TRAN_Apply_Bias2e.o TRAN_Deallocate_Electrode_Grid.o TRAN_Deallocate_RestartFile.o TRAN_RestartFile.o TRAN_Calc_CentGreen.o TRAN_Input_std.o TRAN_Set_CentOverlap.o TRAN_Calc_CentGreenLesser.o TRAN_Input_std_Atoms.o TRAN_Set_Electrode_Grid.o TRAN_Calc_GridBound.o TRAN_Set_IntegPath.o TRAN_Output_HKS.o TRAN_Set_MP.o TRAN_Calc_SelfEnergy.o TRAN_Output_Trans_HS.o TRAN_Calc_Hopping_G.o TRAN_Calc_SurfGreen.o TRAN_Set_SurfOverlap.o TRAN_Add_Density_Lead.o TRAN_Add_ADensity_Lead.o TRAN_Set_Value.o TRAN_Poisson.o TRAN_adjust_Ngrid.o TRAN_Print.o TRAN_Print_Grid.o Lapack_LU_inverse.o TRAN_Distribute_Node.o TRAN_Output_HKS_Write_Grid.o TRAN_Credit.o TRAN_Check_Region_Lead.o TRAN_Check_Region.o TRAN_Check_Input.o DFTDvdW_init.o DFTD3vdW_init.o neb.o neb_run.o neb_check.o TRAN_Allocate_NC.o TRAN_DFT_NC.o TRAN_Set_CentOverlap_NC.o TRAN_Set_SurfOverlap_NC.o TRAN_Calc_OneTransmission.o TRAN_Main_Analysis.o TRAN_Main_Analysis_NC.o MTRAN_EigenChannel.o TRAN_Channel_Functions.o TRAN_Channel_Output.o TRAN_Calc_CurrentDensity.o TRAN_CDen_Main.o elpa1.o solve_evp_real.o solve_evp_complex.o NBO_Cluster.o NBO_Krylov.o Population_Analysis_Wannier.o Population_Analysis_Wannier2.o NabraMatrixElements.o Set_dOrbitals_Grid.o Calc_optical.o Band_DFT_NonCol_Optical.o Cluster_DFT_Optical.o Band_DFT_Col_Optical_ScaLAPACK.o Cluster_DFT_Optical_ScaLAPACK.o mod_precision.o elpa_utilities.o elpa1_compute_real.o elpa1_compute_complex.o aligned_mem.o elpa2_determine_workload.o mod_redist_band_real.o mod_redist_band_complex.o mod_pack_unpack_cpu_real.o mod_pack_unpack_cpu_complex.o real.o complex.o mod_single_hh_trafo_real.o mod_compute_hh_trafo_real.o mod_compute_hh_trafo_complex.o elpa2_compute_real.o elpa2_compute_complex.o elpa_solve_evp_real_2stage_double_impl.o elpa_solve_evp_complex_2stage_double_impl.o -L/home/t230182/fftw/lib -lfftw3 -L/home/t230182/openmpi/lib -lmpi -lmpi_mpifh -L/home/t230182/blas/BLAS-3.11.0 -lrefblas -L/home/t230182/lapack/lapack-3.11.0 -llapack -L/home/t230182/scalapack/scalapack-2.2.0 -lscalapack -lgomp -lpthread -lm -ldl -lgfortran -lm -o openmx /home/t230182/lapack/lapack-3.11.0/liblapack.a(dgeev.o): 関数 `dgeev_' 内: dgeev.f:(.text+0xc82): `dnrm2_' に対する定義されていない参照です dgeev.f:(.text+0xcaf): `dscal_' に対する定義されていない参照です dgeev.f:(.text+0xdde): `dnrm2_' に対する定義されていない参照です dgeev.f:(.text+0xe0b): `dscal_' に対する定義されていない参照です dgeev.f:(.text+0x101b): `dnrm2_' に対する定義されていない参照です dgeev.f:(.text+0x1046): `dnrm2_' に対する定義されていない参照です dgeev.f:(.text+0x1096): `dscal_' に対する定義されていない参照です dgeev.f:(.text+0x10b0): `dscal_' に対する定義されていない参照です dgeev.f:(.text+0x1114): `idamax_' に対する定義されていない参照です dgeev.f:(.text+0x1181): `drot_' に対する定義されていない参照です dgeev.f:(.text+0x11cb): `dnrm2_' に対する定義されていない参照です dgeev.f:(.text+0x11f6): `dnrm2_' に対する定義されていない参照です dgeev.f:(.text+0x1246): `dscal_' に対する定義されていない参照です dgeev.f:(.text+0x1260): `dscal_' に対する定義されていない参照です dgeev.f:(.text+0x12c3): `idamax_' に対する定義されていない参照です dgeev.f:(.text+0x1330): `drot_' に対する定義されていない参照です /home/t230182/lapack/lapack-3.11.0/liblapack.a(dgehrd.o): 関数 `dgehrd_' 内: dgehrd.f:(.text+0x56c): `daxpy_' に対する定義されていない参照です /home/t230182/lapack/lapack-3.11.0/liblapack.a(dgetri.o): 関数 `dgetri_' 内: dgetri.f:(.text+0x45d): `dswap_' に対する定義されていない参照です /home/t230182/lapack/lapack-3.11.0/liblapack.a(dgghrd.o): 関数 `dgghrd_' 内: dgghrd.f:(.text+0x744): `drot_' に対する定義されていない参照です dgghrd.f:(.text+0x783): `drot_' に対する定義されていない参照です dgghrd.f:(.text+0x87a): `drot_' に対する定義されていない参照です dgghrd.f:(.text+0x8cf): `drot_' に対する定義されていない参照です dgghrd.f:(.text+0x923): `drot_' に対する定義されていない参照です /home/t230182/lapack/lapack-3.11.0/liblapack.a(dgghrd.o):dgghrd.f:(.text+0x972): `drot_' に対する定義されていない参照がさらに続いています /home/t230182/lapack/lapack-3.11.0/liblapack.a(dlahqr.o): 関数 `dlahqr_' 内: dlahqr.f:(.text+0xa97): `dcopy_' に対する定義されていない参照です dlahqr.f:(.text+0x12d3): `drot_' に対する定義されていない参照です dlahqr.f:(.text+0x1385): `drot_' に対する定義されていない参照です dlahqr.f:(.text+0x140c): `drot_' に対する定義されていない参照です /home/t230182/lapack/lapack-3.11.0/liblapack.a(dlahr2.o): 関数 `dlahr2_' 内: dlahr2.f:(.text+0x1b7): `dcopy_' に対する定義されていない参照です dlahr2.f:(.text+0x44c): `daxpy_' に対する定義されていない参照です dlahr2.f:(.text+0x6cb): `dscal_' に対する定義されていない参照です dlahr2.f:(.text+0x715): `dscal_' に対する定義されていない参照です
....
/home/t230182/scalapack/scalapack-2.2.0/libscalapack.a(PB_Cdtypeset.o): 関数 `PB_Cdtypeset' 内: PB_Cdtypeset.c:(.text+0x4a): `dger_' に対する定義されていない参照です PB_Cdtypeset.c:(.text+0x59): `dsyr_' に対する定義されていない参照です PB_Cdtypeset.c:(.text+0x20b): `dcopy_' に対する定義されていない参照です PB_Cdtypeset.c:(.text+0x237): `dtrsv_' に対する定義されていない参照です /home/t230182/scalapack/scalapack-2.2.0/libscalapack.a(PB_Cdtypeset.o): 関数 `.LC13' 内: PB_Cdtypeset.c:(.rodata.cst8+0x60): `daxpy_' に対する定義されていない参照です /home/t230182/scalapack/scalapack-2.2.0/libscalapack.a(PB_Cdtypeset.o): 関数 `.LC14' 内: PB_Cdtypeset.c:(.rodata.cst8+0x68): `dswap_' に対する定義されていない参照です /home/t230182/scalapack/scalapack-2.2.0/libscalapack.a(PB_Cztypeset.o): 関数 `PB_Cztypeset' 内: PB_Cztypeset.c:(.text+0x22b): `ztrsv_' に対する定義されていない参照です PB_Cztypeset.c:(.text+0x282): `zgeru_' に対する定義されていない参照です PB_Cztypeset.c:(.text+0x29f): `zher_' に対する定義されていない参照です PB_Cztypeset.c:(.text+0x2d9): `zsymm_' に対する定義されていない参照です PB_Cztypeset.c:(.text+0x2f6): `zsyrk_' に対する定義されていない参照です PB_Cztypeset.c:(.text+0x313): `zsyr2k_' に対する定義されていない参照です /home/t230182/scalapack/scalapack-2.2.0/libscalapack.a(PB_Cztypeset.o): 関数 `.LC14' 内: PB_Cztypeset.c:(.rodata.cst8+0x60): `zaxpy_' に対する定義されていない参照です /home/t230182/scalapack/scalapack-2.2.0/libscalapack.a(PB_Cztypeset.o): 関数 `.LC15' 内: PB_Cztypeset.c:(.rodata.cst8+0x68): `zswap_' に対する定義されていない参照です /home/t230182/scalapack/scalapack-2.2.0/libscalapack.a(PB_Cztypeset.o): 関数 `.LC20' 内: PB_Cztypeset.c:(.rodata.cst8+0x90): `zgerc_' に対する定義されていない参照です /home/t230182/scalapack/scalapack-2.2.0/libscalapack.a(PB_Cztypeset.o): 関数 `.LC24' 内: PB_Cztypeset.c:(.rodata.cst8+0xb0): `zhemm_' に対する定義されていない参照です /home/t230182/scalapack/scalapack-2.2.0/libscalapack.a(PB_Cztypeset.o): 関数 `.LC26' 内: PB_Cztypeset.c:(.rodata.cst8+0xc0): `zher2k_' に対する定義されていない参照です /home/t230182/scalapack/scalapack-2.2.0/libscalapack.a(dvvdot.o): 関数 `dvvdot_' 内: dvvdot.f:(.text+0x1f): `ddot_' に対する定義されていない参照です /home/t230182/scalapack/scalapack-2.2.0/libscalapack.a(dmmadd.o): 関数 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/home/t230182/scalapack/scalapack-2.2.0/libscalapack.a(dmmtcadd.o): 関数 `dmmtcadd_' 内: dmmtcadd.f:(.text+0xc9): `dcopy_' に対する定義されていない参照です dmmtcadd.f:(.text+0x14a): `dcopy_' に対する定義されていない参照です dmmtcadd.f:(.text+0x6ff): `dscal_' に対する定義されていない参照です dmmtcadd.f:(.text+0x772): `daxpy_' に対する定義されていない参照です dmmtcadd.f:(.text+0x7ce): `daxpy_' に対する定義されていない参照です dmmtcadd.f:(.text+0x81f): `daxpy_' に対する定義されていない参照です dmmtcadd.f:(.text+0x86f): `dscal_' に対する定義されていない参照です dmmtcadd.f:(.text+0x8d9): `daxpy_' に対する定義されていない参照です /home/t230182/scalapack/scalapack-2.2.0/libscalapack.a(dmmdda.o): 関数 `dmmdda_' 内: dmmdda.f:(.text+0xb9): `dcopy_' に対する定義されていない参照です dmmdda.f:(.text+0x217): `daxpy_' に対する定義されていない参照です dmmdda.f:(.text+0x3af): `dscal_' に対する定義されていない参照です dmmdda.f:(.text+0x519): `daxpy_' に対する定義されていない参照です /home/t230182/scalapack/scalapack-2.2.0/libscalapack.a(dmmddac.o): 関数 `dmmddac_' 内: dmmddac.f:(.text+0xb9): `dcopy_' に対する定義されていない参照です dmmddac.f:(.text+0x217): `daxpy_' に対する定義されていない参照です dmmddac.f:(.text+0x3af): `dscal_' に対する定義されていない参照です dmmddac.f:(.text+0x519): `daxpy_' に対する定義されていない参照です /home/t230182/scalapack/scalapack-2.2.0/libscalapack.a(dmmddat.o): 関数 `dmmddat_' 内: dmmddat.f:(.text+0xca): `dcopy_' に対する定義されていない参照です dmmddat.f:(.text+0x149): `dcopy_' に対する定義されていない参照です dmmddat.f:(.text+0x707): `dscal_' に対する定義されていない参照です dmmddat.f:(.text+0x771): `daxpy_' に対する定義されていない参照です dmmddat.f:(.text+0x7cf): `daxpy_' に対する定義されていない参照です dmmddat.f:(.text+0x81e): `daxpy_' に対する定義されていない参照です dmmddat.f:(.text+0x86f): `dscal_' に対する定義されていない参照です dmmddat.f:(.text+0x8da): `daxpy_' に対する定義されていない参照です /home/t230182/scalapack/scalapack-2.2.0/libscalapack.a(dmmddact.o): 関数 `dmmddact_' 内: dmmddact.f:(.text+0xca): `dcopy_' に対する定義されていない参照です dmmddact.f:(.text+0x149): `dcopy_' に対する定義されていない参照です dmmddact.f:(.text+0x707): `dscal_' に対する定義されていない参照です dmmddact.f:(.text+0x771): `daxpy_' に対する定義されていない参照です dmmddact.f:(.text+0x7cf): `daxpy_' に対する定義されていない参照です dmmddact.f:(.text+0x81e): `daxpy_' に対する定義されていない参照です dmmddact.f:(.text+0x86f): `dscal_' に対する定義されていない参照です dmmddact.f:(.text+0x8da): `daxpy_' に対する定義されていない参照です /home/t230182/scalapack/scalapack-2.2.0/libscalapack.a(dtzscal.o): 関数 `dtzscal_' 内: dtzscal.f:(.text+0x135): `dscal_' に対する定義されていない参照です dtzscal.f:(.text+0x218): `dscal_' に対する定義されていない参照です dtzscal.f:(.text+0x287): `dscal_' に対する定義されていない参照です dtzscal.f:(.text+0x2ef): `dscal_' に対する定義されていない参照です dtzscal.f:(.text+0x43f): `dscal_' に対する定義されていない参照です /home/t230182/scalapack/scalapack-2.2.0/libscalapack.a(zvvdotu.o): 関数 `zvvdotu_' 内: zvvdotu.f:(.text+0x29): `zdotu_' に対する定義されていない参照です /home/t230182/scalapack/scalapack-2.2.0/libscalapack.a(zvvdotc.o): 関数 `zvvdotc_' 内: zvvdotc.f:(.text+0x29): `zdotc_' に対する定義されていない参照です /home/t230182/scalapack/scalapack-2.2.0/libscalapack.a(zmmadd.o): 関数 `zmmadd_' 内: zmmadd.f:(.text+0x1ee): `zaxpy_' に対する定義されていない参照です zmmadd.f:(.text+0x29d): `zaxpy_' に対する定義されていない参照です zmmadd.f:(.text+0x317): `zscal_' に対する定義されていない参照です /home/t230182/scalapack/scalapack-2.2.0/libscalapack.a(zmmcadd.o): 関数 `zmmcadd_' 内: 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/home/t230182/scalapack/scalapack-2.2.0/libscalapack.a(zmmddat.o): 関数 `zmmddat_' 内: zmmddat.f:(.text+0x127): `zaxpy_' に対する定義されていない参照です zmmddat.f:(.text+0x1c6): `zaxpy_' に対する定義されていない参照です zmmddat.f:(.text+0x5a2): `zaxpy_' に対する定義されていない参照です zmmddat.f:(.text+0x629): `zaxpy_' に対する定義されていない参照です zmmddat.f:(.text+0x74f): `zscal_' に対する定義されていない参照です zmmddat.f:(.text+0x7bf): `zscal_' に対する定義されていない参照です /home/t230182/scalapack/scalapack-2.2.0/libscalapack.a(zmmddact.o): 関数 `zmmddact_' 内: zmmddact.f:(.text+0x707): `zscal_' に対する定義されていない参照です zmmddact.f:(.text+0x85f): `zscal_' に対する定義されていない参照です /home/t230182/scalapack/scalapack-2.2.0/libscalapack.a(zhescal.o): 関数 `zhescal_' 内: zhescal.f:(.text+0x16f): `zdscal_' に対する定義されていない参照です zhescal.f:(.text+0x304): `zdscal_' に対する定義されていない参照です zhescal.f:(.text+0x39f): `zdscal_' に対する定義されていない参照です zhescal.f:(.text+0x40f): `zdscal_' に対する定義されていない参照です zhescal.f:(.text+0x5bf): `zdscal_' に対する定義されていない参照です /home/t230182/scalapack/scalapack-2.2.0/libscalapack.a(ztzscal.o): 関数 `ztzscal_' 内: ztzscal.f:(.text+0x1b3): `zscal_' に対する定義されていない参照です ztzscal.f:(.text+0x280): `zscal_' に対する定義されていない参照です ztzscal.f:(.text+0x2ef): `zscal_' に対する定義されていない参照です ztzscal.f:(.text+0x35f): `zscal_' に対する定義されていない参照です ztzscal.f:(.text+0x48f): `zscal_' に対する定義されていない参照です collect2: エラー: ld はステータス 1 で終了しました make: *** [makefile:215: openmx] エラー 1
========================================================================================== My settings are as follows.
BLASPATH=/home/t230182/blas/BLAS-3.11.0 FFTROOT=/home/t230182/fftw LAPACKPATH=/home/t230182/lapack/lapack-3.11.0 SCALAPACKPATH=/home/t230182/scalapack/scalapack-2.2.0 OPENMPIPATH=/home/t230182/openmpi CC = mpicc -O3 -DscaLAPACK -ffast-math -fopenmp -I${FFTROOT}/include -I${BLASPATH} -I${LAPACKPATH} -I${SCALAPACKPATH} -I${OPENMPIPATH}/openmpi-4.1.5/ompi/include/ -I/usr/local/include FC = mpif90 -O3 -DscaLAPACK -ffast-math -fopenmp -I${FFTROOT}/include -I${OPENMPIPATH}/openmpi-4.1.5/ompi/include/ LIB= -L/usr/local/lib -L${FFTROOT}/lib -L${OPENMPIPATH}/lib ${LAPACKPATH}/liblapack.a ${SCALAPACKPATH}/libscalapack.a\ -lfftw3 -lmpi_usempif08 -lmpi_usempi_ignore_tkr -lmpi_mpifh -lgfortran -lm -ltmglib
Could you please help me in this regards? Regards, Cho
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