ユーザー定義の初期経路

デフォルトで、反応物と生成物をつなぐ初期経路は、それらを結ぶ直線です。 しかし、系によっては直線上に生成されたイメージの幾何学構造は原子間距離が近接してしまい、物理的には許容できないものになります。 この場合、初期イメージの原子座標を明示的に与える必要があります。 ユーザー自身で初期イメージの原子座標を明示的に与える方法は、実は再スタートの場合と同様です。 どちらの場合でも次のキーワードによって、それぞれのイメージの原子座標を明示的に与えます。

  <NEB1.Atoms.SpeciesAndCoordinates
     1   Si   -0.12960866043083    0.13490502997627   -0.12924862991035     2.0     2.0
     2   Si   -0.40252421446808    5.19664433048606    4.91248322056082     2.0     2.0
     ...
  NEB1.Atoms.SpeciesAndCoordinates>

  <NEB2.Atoms.SpeciesAndCoordinates
     1   Si   -0.08436294149342   -0.02173837971883   -0.08374099211565     2.0     2.0
     2   Si   -0.33677725120015    5.10216241168093    5.01087499461541     2.0     2.0
     ...
  NEB2.Atoms.SpeciesAndCoordinates>

「MD.NEB.Number.Images」で指定した全てのイメージに対して、原子座標を与える必要があります。 さらに、キーワード「scf.restart」を「on」に設定して下さい。

    scf.restart     on