2つのGaussian Cubeファイルの差の解析

ユーティリティツールによって、2つのGaussian cubeファイルの差の解析を行うことができます。 構造変化やスピン磁気モーメント方位の変化に伴い、どのように全電子密度、スピン密度、ポテンシャルが 変化しているのか解析することが可能です。

(1) diff_gcube.cのコンパイル

ディレクトリ「source」内に、「diff_gcube.c」という名のファイルが保存されています。 このファイルを次のコマンドでコンパイルします。

    % gcc diff_gcube.c -lm -o diff_gcube
  

コンパイルが正常に終了すると、ディレクトリ「source」内に、実行可能なファイル「diff_gcube」が生成されます。 この実行可能ファイルをディレクトリ「work」にコピーして下さい。

(2) 差の計算

「input1.cube」と「input2.cube」という名前の2つのGaussian cubeファイルの差を求め、 さらにその結果をファイル「output.cube」に出力したい場合、「diff_gcube」を次のように実行します。

    % ./diff_gcube input1.cube input2.cube output.cube
  

差はGaussian cube形式で「output.cube」という名前のファイルに出力されます。 「output.cube」は、XCrySDen [61]やMolekel [60]等の可視化ソフトウエアを用いて、 容易に解析できます。実際に、「電場」の章の図22はこの方法で作成されました。