ユーザーによる原子の質量の定義

OpenMXの分子動力学計算において、原子質量は「Set_Atom_Weight() of SetPara_DFT.c」で定義されています。 しかし、キーワード「Definition.of.Atomic.Species」を用いて、簡単に原子質量を変更することが出来ます。 その場合、次のように4列目の数値で原子質量を定義します。

  <Definition.of.Atomic.Species
   H   H5.0-s1          H_PBE13      2.0
   C   C5.0-s1p1        C_PBE13     12.0
  Definition.of.Atomic.Species>

4列目の数値が明示的に与えられない際には、デフォルトの原子質量が使用されます。 この方法は分子動力学計算で原子質量の影響を調べる際に有用でしょう。また、特に水素原子に対して 重水素の質量を割り当てることで、より時間ステップを大きくすることが出来るようになります。 原子質量の定義には、炭素原子の主同位体を12.0とする統一原子質量単位を用いています。